| Наименование заказника | Площадь, тыс. га | Профиль | Административная принадлежность |
| Аянгатинский | 26,364 | комплексный | Барун-Хемчикский кожуун |
| Балгазынский | 119,075 | биологический | Тандинский, Каа-Хемский, Кызылский кожууны |
| Дерзигский | 26,377 | комплексный | Каа-Хемский кожуун |
| Дургенский | 31,925 | комплексный | Тандинский кожуун |
| Каъкский | 64,438 | комплексный | Улуг-Хемский, Чеди-Хольский кожууны |
| Ондумский | 25,589 | комплексный | Кызылский кожуун |
| Сут-Хольский | 27,682 | комплексный | Сут-Хольский кожуун |
| Тапсинский | 109,00 | комплексный | Кызылский кожуун |
| Хутинский | 107,655 | комплексный | Пий-Хемский кожуун |
| Чаа-Хольский | 23,823 | комплексный | Чаа-Хольский кожуун |
| Чагытайский | 11,822 | биолого-гидрологический | Тандинский кожуун |
| Шанский | 29,306 | комплексный | Каа-Хемский кожуун |
| Шеминский | 31,589 | комплексный | Дзун-Хемчикский кожуун |
| Ээрбекский | 24,667 | комплексный | Кызылский кожуун |
| Буура | 54,839 | комплексный | Улуг-Хемский и Чаа-Хольский кожууны |
| Итого | 714,158 |